تأسس النادي في العام 1950 من إتحاد فريقي الدينمو و الاتحاد ليكونا معا نادي الخرطوم 3 الذي تحول فيما بعد إلي نادي الخرطوم ثم أخيرا إلي الخرطوم الوطني , و يعتبر من اندية السودان الشاملة حيث يحتضن العديد من المناشط الثقافية و الرياضية والإجتماعية. لاسيما المناشط الرياضية المختلفة حيث نال العديد من الجوائز و البطولات في مضمار كرة السلة و كرة اليد و الكرة الطائرة و تنس الطاولة والسباحة و منشط الشطرنج
تعاقب علي النادي العديد من الإداريين و المدربين المحنكين حيث وضعو بصمة قوية في مسيرة النادي ولا سيما في منشط كرة القدم احد اهم المناشط في اروقة النادي حيث يقدم فريق الكرة مستويات جيدة
